「Re:何故JRのﾌﾟﾘｶにはﾌﾟﾚﾐｱﾑが無いのでしょうか｡」
イコカもJスルーカードも要するに降車時払いのカードですから、千円未満の区間を乗るのに数千円も出費するよりも、初乗り運賃で乗車して降車時に差額を精算すれば良いだけになります。

トイカやスイカも同様になります。

スマートだのクイックチャージも結局は数千円をプレミアム無しで前払いすることになります。

これらについても、初乗り運賃で乗車して降車時に差額を精算する方がずっとスマートな感じがします。

千円以上の区間を乗車するならば、話は別ですが。