西暦2307年。人類は枯渇した化石燃料に代わるエネルギー源となる軌道エレベーターと宇宙太陽光発電システムを手に入れていた。しかし、莫大な建造費が必要な軌道エレベーターを所有し、その恩恵が得られるのは3大国家群である【ユニオン】【人類革新連盟】【AEU】のみであり、それらの超大国は全面的な対決こそ無いものの熾烈な軍備開発競争による冷戦状態にある。そしていずれの連合にも属せなかった小国は貧困にあえぎ、紛争や内戦を繰り返していた。
そんな世界の中で突然現れた謎の私設武装組織【ソレスタルビーイング】(CB)は、人型機動兵器モビルスーツ(MS)【ガンダム】を投入。世界から戦争を根絶させるべく戦いを挑むが、それは【平和のための武力行使】という矛盾も抱えていた。ガンダムを操るのは4人の青少年。彼らは自らを【ガンダムマイスター】と呼ぶ……。