こんにちはMP5さん(^_^)。

今回、対馬で行われた訓練は、現実に起こりうる、実戦的な想定だったのではないか思います。
対馬で重大なテロ事件が発生し、警察署で対応できない場合は、長崎市に隊舎がある長崎県警機動隊と、福岡県警の特殊部隊（SAT）が出動することになるでしょう。
これらの部隊は自衛隊の輸送機などで派遣されるのでしょうが、対馬に到着するまでには、ある程度の時間がかかります。
政府による治安出動命令が早い段階で発令された場合、対馬に常駐している陸上自衛隊の対馬警備隊は、警察の機動隊や特殊部隊よりも早く展開できます。
その結果、対馬警備隊がテロリストに対して武器を使用することも想定されます。
治安出動による武器の使用は、MP５さんが記載されたように、警察官職務執行法に基づいて行われます。
自衛官が警察官職務執行法に基づいて武器を使用し、テロリストを制圧した場合、検事や裁判官に対して、射撃した理由を説明しなければなりません。1発ずつ、射撃した理由を検証される可能性があるため、機関銃や自動小銃を部隊で一斉に連射して、テロリストを制圧することは難しいでしょう。
基本的に銃器は、単射での使用になると思います。また人質がいない場合は、テロリストの急所を外して撃ち、さらに可能であれば、テロリストを逮捕する必要があります。逮捕の罪名は状況によりますが、おそらく公務執行妨害罪でしょう。
また、銃を所持したテロリストに威嚇射撃を実施するというのは、あまり現実的ではありません。おそらく人質の救出という想定が中止になったため、やむを得ず威嚇射撃を行うことになったと推測されます。

まとまりの無い文章になってしまいました(^_^;)。
実際に治安出動が発令されたことはありませんが、自衛官が警察官職務執行法に基づいて適切に武器を使用できるよう、訓練を重ねる必要はあると思います。