何とか連続で回答できそうです(^_^;)。

>特殊な海上警備事案とは何ですか？

1997年の海上保安白書には、１海上紛争等の警備、２警衛、警護、３特殊警備事案と章が分けられていますから、「特殊な海上警備事案」とは、１と２以外の警備事案の事ではないかと思います。
詳細は海上保安庁も公表していません。
SSTの任務については、WIKIの「特殊警備隊」の項目にも記載されていますが、私が先ほど書き込んだ任務に加えて該当しそうなものは、船員による暴動の鎮圧や、工作船対策、船内における爆発物の処理などではないかと思います。