こんにちは、警察系特殊部隊オタクさん。
私事ですが多忙のため、回答が遅れました。
質問が複数ですので、まとめて回答します。

＞SSTは突入時に使う大型ハンマーを装備しているのですか？

「大型ハンマー」とはバッティングラムの事だと思います。
SSTの突入訓練は、海上保安庁が１度公開したことがありますが、その時は隊員が手でドアを開けていました。ですから、装備している可能性はありますが、公開されていないため不明です。

＞それとSSTはSEALsから訓練を受けているそうですが、SEALsは世界最強の海の特殊部隊ですか？

比較の対象となるのは、SEALSと同種の任務を担当している、他国の軍事系特殊部隊です。
米軍のSEALSは規模、装備、支援体制を総合的に見れば、諸外国の同種部隊と比較して事実上、最強でしょう。
ただし、米軍はSEALS隊員の中から、さらに優れた隊員を選抜してDEVGRUという部隊を編制しているため、隊員個人の技量や、小隊規模の技量を純粋に比較すれば、他国の軍にもSEALSを上回る部隊は存在するでしょう。

＞治安系特殊部隊ってなんですか？その定義と任務内容などを詳しく解説してください。

明確な定義はありませんが、軍に所属せず、警察などの法執行機関に所属する部隊が治安系特殊部隊です。
詳細な任務内容はその国の法律により異なりますが、通常の警察官や法執行官だけでは対処できない任務を担当しています。例えばテロ、人質立てこもり、ハイジャックなどです。
SATやSSTは自衛隊に所属しておらず、警察と海上保安庁という法執行機関に所属しているため、治安系特殊部隊です。

＞1998年の能登半島沖不審船事件のときに、SSTは工作船に突入して交戦したという話は本当ですか？まぁでもそのようなことを記載している証拠となる本も一冊あるし・・・

「証拠となる本」とは、並木書房が出版している「海上保安庁特殊部隊SST」という書籍ではないでしょうか？
この本の著者である小峯隆生氏は、ウィキペディアによれば「編集者、ラジオパーソナリティ、ジャーナリスト、小説家。映画監督の経験もあり」という方で、事実関係を詳細に取材し、検証して執筆する「ノンフィクション作家」ではありません。
また、この本で協力している「坂本新一」は仮名で、本名は住本祐寿氏です。住本氏はSSTのOBとされている方です。
おそらくSSTに在隊していたことは事実なのでしょうが、残念ながら住本氏は言動に色々と問題がある方です(-_-;)。
何が問題なのかは、この掲示板ではあえて取り挙げませんが、ネットで検索すれば、分かると思います。
過去の発言も、誇張や思い込みによる点が多いようです。
ですから、この本は、誇張や思い込みのある住本氏の発言を、小峯氏が詳細な検証や裏付けを取らず、さらに誇張とフィクションを加えて記載したものです。
SSTの創設の経緯など、貴重な箇所もあるので、非常に残念ですね。

やや話が逸れてしまいましたので、戻します(^_^;)。

工作船に突入した箇所は、この本の最後に記載されていますが、小峯氏も「その光景は、おそらく以下のようなものであろう。」と前置きした上で記載していますから、完全に小峯氏の創作です(^_^;)。
まあ、普通に考えれば、狭い工作船に複数で降下して、銃撃戦を行い、相手から銃撃を受けたが、隊員に１人も死傷者を出さずに船から脱出、というのは不自然ではないかと思います。
また当然ですが、海上保安庁の公表はありません。

＞それと1999年東ティモールの邦人救出作戦にSSTが出動したのは本当ですか？そもそもSSTや海上保安庁が邦人救出作戦に投入されるんですか？

これも「海上保安庁特殊部隊SST」という本で、誇張ではないかと疑問視されている箇所です。
著者の小峯氏も検証や裏付けは記載していません。
普通に考えれば、SSTに救出された邦人の証言が、報道機関によって報道されるでしょう。
この件に関しては「最新日本の対テロ特殊部隊」（著者 菊池雅之、柿谷哲也）という書籍の130ページにも記載があります。
この本によれば、1999年9月4日に東ティモールのディリ港沖に巡視船「みずほ」が待機したが、9月7日までに日本政府がチャーターした航空機で邦人が無事脱出したため、みずほは帰国したとのことです。
つまり、邦人は「みずほ」に乗船していません。
みずほのSST乗船についても、海上保安庁が公表しておらず、不明とされています。
以上の状況から、完全に個人的な推測ですが、当時「みずほ」にはSST隊員が乗船しており、港で邦人を保護し、収容する計画を立てていたが、実際には行われず、ディリ港沖に待機後、邦人の脱出が確認されたため、帰国したのではないかと思います。