こんにちは。

拳銃や機関拳銃、自動小銃程度の武器で武装している、という条件であれば、諜報機関や警察も武装組織に該当します。

日本の場合、公安や外事の捜査員は警察官ですから、拳銃を持っています。
公安調査庁の職員は特別司法警察職員ではないため、拳銃などの武器は装備していないようです。
またアメリカの中央情報局(CIA)には、詳細は不明ですが、武装部門もあるようです。