こんにちは。

＞SATやSSTの降下作戦中のヘリをテロリストがRPG-7など撃墜してくる恐れがあると思うのですが？
想定内なんでしょうか？また、どのような対応を取るのでしょう？

ヘリに搭乗員している特殊部隊員が周辺を監視し、RPGを所持したテロリストを発見した場合、ヘリから狙撃するようです。
またRPGが発射された場合は、ヘリが回避行動を取るようです。

＞この間、SATやSSTといったテロ対策部隊が突入する際にトラップの確認方法は公開していないとお答えいただいたのですが、では、実際に突入するにあたってトラップの有無を確認しないのでしょうか

トラップの有無の確認は、突入前に調査しているのでしょうが、突入時にも当然行うと思います。
トラップの確認方法や解除、迂回方法を公開することで利益を得るのは、犯罪者やテロリストだけですから、詳細は公開されていません。
また、突入現場の直近まで特殊部隊が移動する方法も、公開すると犯罪者やテロリリストに対策を立てられてしまうため、詳細は公開されていません。

＞海上保安庁特殊部隊SST　小峯隆生　著　106頁にSSTは2日半、1個のおにぎりとお茶のみで沖縄まで護送していたそうですが、いわゆるミリ飯のようなものを装備していないんでしょうか？SSTの長期派遣の際食料は現在もなおこんな感じでしょうか

おそらく現在は予算も付いて、携行食を装備していると思います。
自衛隊の携行食以外にも、日本は携行食品やレトルト食品の技術が発達しているので、市場に流通しているもので十分に対応可能でしょう。
住本氏の証言によれば、SSTの前身部隊は任務に必要な装備は何か、という点も手探りの状態だったようで、部隊創設時には水筒を装備していなかったようです。