DNAの二重螺旋の三角錐
＜四次元能版EVA：モナドックスロジー：PS三角錐の応用＞

ヌクレオチドの鎖の三角錐
http://www.beach.jp/circleboard/ad00178/topic/1100200049745
の続きです。

次は、いよいよ二重螺旋です。DNAの二重螺旋は

「遺伝子とは」
http://www.mls.sci.hiroshima-u.ac.jp/smg/education/DNA.html
から引用しました。


―――

ヌクレオチドの鎖を見てください。「糖は、デオキシリボースと呼ばれる５つの炭素を使った糖（五炭糖）であり、図では炭素の位置が黒丸で示されており、それぞれの炭素には1'～5'までの番号が付けられています。

そして、リン酸が２つの（糖＋塩基）を5'と3'の位置で結び付けているのがわかるでしょう。こうして、DNAの各々の鎖の背骨が出来上がるのですね。鎖は5'→3'という方向性、つまり、線形性（流れ）があり、塩基の選択の自由度という非線形（多様性＝渦）が同時に成立しているのですね。

そして、ヌクレオチドの鎖が二本繋がっているのがDNAなのですね。

DNAの２本の鎖は４種類の塩基によって結合しているところに着目してください。必ずAとTあるいはGとCがペアになって結合しています。このペアを塩基対と呼びます。この組み合わせがDNAの重要なところなのですが、それは別で話すことにして、忘れてはならないのが、２本の鎖は逆向きに並んでいるということです。つまり、一方の鎖は左側が5'側で右側が3'側、もう一方の鎖は逆に右側が5'側で左側が3'になっているのですね。図を見た方が分かりやすいでしょう。

そこで、DNAの二重螺旋はヌクレオチドの鎖の三角錐が二重化されたものだという解釈ができます。では、どんな三角錐なのでしょうか？

図の最初のヌクレオチドの塩基は上がチミン(T)、下がアデニン(A)になっていますから、上をヌクレオチドのチミン(T)の三角錐、下をヌクレオチドのアデニン(A) の三角錐と呼ぶことにしましょう。長いのでTの三角錐、Aの三角錐とします。

いずれもヌクレオチドの
糖:燐→塩基
であることには違いがありません。

そうすると、Aの三角錐がTの三角錐を指していますので、

Aの三角錐→Tの三角錐

です。

従って、DNA三角錐は

結合（塩基対）：Aの三角錐→Tの三角錐

となります。更にDNAの二重螺旋はこれが繋がったものなので塩基対のペア・ルール（AT・GC）とDNAの長さ（塩基対の数）をnとして表現すると

DNA二重螺旋三角錐は

結合（塩基対n）三角錐：塩基の三角錐→塩基の三角錐

となるでしょう。

ここにきて面白いことが浮かび上がってきました。ヌクレオチドの単体生成では、


その三角錐は

糖:燐→塩基

であり、糖がinitialでしたが、ヌクレオチドの鎖の生成では、

ヌクレオチドの鎖の三角錐initial:index→symbolは、

燐：アデニン(A) アデニン(A)＋糖→チミン(T) アデニン(A)＋糖

でしたので、「燐」がinitialとなりました。そしてDNA二重螺旋三角錐ではその三角錐
initial:index→symbolは

結合（塩基対n）三角錐：塩基の三角錐→塩基の三角錐

ですから、塩基対がinitialとなりました。

これは何を意味しているのでしょうか？

三角錐
initial:index→symbol

においては何を三角錐と見るかによって何がinitial,index,symbolになるのかが決まるということです。これもまたモナドックスロジーの基盤となるモナドの法則（qルール）として追加しておかなければならないでしょう。qルールには、ijkのぐるぐる回しがありますが、 それをinitial,index,symbolに当てはめた場合でも、qルールは維持されなければならないのです。ここまでの探求でinitialが糖や燐や塩基になったりしているのですが、これがijkのぐるぐる回しを満足しているのかどうかの検証をしていません。これがモナドの法則（qルール）なのかどうかは極めて重要なことです。いずれは、それを検証するときがくるでしょう。それにはモナドックスロジー（検証ツール）が必要になるでしょう。それがどのようなものなのか今はまだ不明です。それを明らかにするのはもう少し時間がかかりそうです。

いずれにしても、長い、長い三角錐探しのマラソンでしたが、それでもまだクォータ（四分の一）です。まだ、転写と翻訳と形質が残っています。

続く

追記

BEACHのメンテナンスが終わったらリンクが張れなくなりましたが、只今、事務局に問い合わせをしています。困っています。