分身の術の三角錐（５）マイケル・ジャクソンの「ムーンウォーク」に似た不連続的合成
＜四次元能版EVA：モナドックスロジー：PS三角錐の応用＞

分身の術の三角錐（４）酵素の謎
http://www.beach.jp/circleboard/ad00178/topic/1100200052927
の続きです。

分身術の黒子「ポリメラーゼ」
http://www.mls.sci.hiroshima-u.ac.jp/smg/education/replication.html

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分身の術で新しいDNAを合成するのがDNAポリメラーゼという黒子＝酵素であると言いました。この黒子は鋳型のDNAと塩基対を形成できるヌクレオチドを「5'から3'の方向」に繋げているのですね。

ここに黒子の三角錐が出てきたようですね。

黒子の役割は
＞解く（ほどく）
＞ヌクレオチドを繋ぐ
＞5'から3'の方向
です。述語の順に説明します。

黒子の最初の仕事はDNAの二本の鎖をほどくことです。従って「解く」三角錐がまず出てきました。

DNAポリメラーゼ（解く）：二本の鎖としてのDNA→上のDNA＋下のDNA

次に解いた上のDNAにヌクレオチドを繋ぎ二本の鎖とします。従って「繋ぐ三角錐です。

DNAポリメラーゼ（ヌクレオチドを繋ぐ）：上のDNA→二本の鎖としてのDNA（上のDNA＋下のDNA）

同じように、解いた下のDNAにヌクレオチドを繋ぎ二本の鎖とします。

DNAポリメラーゼ（ヌクレオチドを繋ぐ）：下のDNA→二本の鎖としてのDNA（上のDNA＋下のDNA）

この場合、5'から3'の方向という条件が付きます。ただし、上と下では方向が逆になっていますので、どっちが基準になっているのかが不明ですね。

これは難しい数学の問題を解くようなものですね。もしかしたらイデアが隠れているのかもしれませんね。

←←←←←←＞●＜→→→→→
∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞

の∞を二本にして5'から3'の方向を表現します。

上のDNA：3'←←←←←←←←←←←←5'
下のDNA：5'――――――――――――3'

となりますね。分身フォークの「ほどく」というのは上の5'から3'の方向に「ほどく」という意味なのですね。

それではDNAポリメラーゼがヌクレオチドを繋ぐところを見ていきましょう。
ほどけた上のDNAは、

上のDNA：3'←←←←←←←←←←←←5'

ですが、その後から5'から3'の方向にヌクレオチドが付いて

上のDNA：3'←←←←←←←←←←←←5'
下のDNA：5'←←←←←←←←←←←←3'

となります。これで半分、ＤＮＡができました。

次ぎに

下のDNA：5'――――――――――――3'

は、ほどかれる方向は3'から5'の方向ですので、3'から5'へ行きたいのですが、ポリメラーゼは5'から3'の方向にしか進めないのですね。柔軟性のない黒子ですね。どうするのでしょうか？

これは工夫がいるところです。

下のDNA：5'―――――――――――――3'
は←←←←←とは進めないのですが、短くすれば5'から3'へ進めます。
つまり、
5'―――――――――――――3'
　　　　　　　　　　　　　　　　　――→
　　　　　　　　　　　　――→
　　　　　　――→
　――→

という具合です。これなら5'から3'の方向へ進んだことになります。やっていることは短いDNAを合成し、この短い合成が分身フォークの進行方向に「不連続的」に行われているのですね。最終的にはこれらの短い断片がつなげられて、一本の鎖となるのですね。

この不連続的な短い合成にも三角錐があります。

DNAポリメラーゼ（ヌクレオチドを繋ぐ）：下のDNA→二本の鎖としてのDNA（上のDNA＋下のDNA）

なんだか誤魔化された気分ですが、確かにトータルでは

5'→→→→→→→→→→→→→→3'

ですから5'から3'の方向になっていますね。マイケル・ジャクソンの「ムーンウォーク」に似ているような気もしますね。何はともあれ、無事、一つのDNAから二本のDNAが出きました。これで分身の術が完了したことになります。

この不連続的な短い合成による分身の術については「遺伝子分身の術」のＨＰにアニメがありますので是非見てください。

遺伝子分身の術
http://www.mls.sci.hiroshima-u.ac.jp/smg/education/replication.html

アニメを見て思うのですが、このような説明はあくまでも外部観測者の認識です。あたかもそこに神がいてすべてを支配しているかのような説明をしています。進化論はこれをすべて偶然の結果だと言います。偶然にしては余りにもできすぎですし、神が創ったになら、何故、４０億年も時間をかけたのだろうかとかいう疑問があります。どっちにしてもそれは説明がつかないのですね。

四次元能もまだそれには「答えが出ていません」ただひたすらに探求が続くだけです。

続く