よりぼさん、こんばんは。

質問が溜まりましたが、まず、下請け孫請けの問題からにしましょう。

建設業の数次の請負については、請負業の一括が適用されます。
要件を満たせば、法律上当然に一括されるというものです。

労働保険徴収法第８条
厚生労働省令で定める事業が数次の請負によって行われる場合には、この法律の適用については、その事業を一の事業とみなし、元請人のみを当該事業の事業主とする。

請負業の一括も「この法律の適用については、」といっているので、徴収法で規定しているものが範囲となり、労災法できていしているものは範囲外ということになると考えられます。

徴収法により元請人が保険料の申告や納付を行うことになりますが、労災の保険給付は労災法の規定により行われるので、下請けや孫請けの事業として保険請求することになると考えられます。

労災保険は事業主に代わって災害補償する制度であることを考えれば、保険請求は労働者と労働契約のある適用事業において行うことが合理性があると思います。
労災の給付基礎日額が労働基準法の平均賃金に相当する額とされていることからも、労働者と労働契約のある事業でないと不都合だと思います。

保険料の負担は元請事業主、保険給付により労働基準法の災害補償の免責を受けるのは下請事業主という奇妙なことになっているようですね。

それでは、元請は下請から保険料を徴収しているのでしょうか？
たぶん、徴収すべきとする規定がないと思われる（未確認）ので、それを勘案したところで、下請と請負金額を決めるのではないかと思われます。
建設業にお勤めの方で、元請けと下請けの間の労災保険料の清算について、ご存知のかたいらっしゃいませんか？

有期事業のメリット制はどうなるのでしょうか？
有期事業のメリット制も徴収法の規定なので、請負の一括の適用を受けたものとして適用されることになると思います。
すると、保険給付が下請事業主、メリット制が元請事業主だと不都合ですよね。
例えば、「療養補償給付たる療養の給付請求書」には、
「事業主の氏名」の欄の下に
「労働者の所属事業場の名称・所在地」という欄があり、
労働者が直接所属する事業場が一括適用の取扱いをしている支店、工場、工事現場等の場合に記載してください。
となっているので、事業主の他に請負業の一括の適用された工事現場も記入することになっています。
歳入徴収官はこれにより、メリット制の計算をして、元請事業主に通知していると考えられます。

費用徴収について、まだ、法令を読みきれてません。