フラさん

　＞ミケランジェロとの仲の悪さが災いしたのでしょうか？

1480年、システィーナ礼拝堂の改築が終わりましたが、時の法王シクストゥス4世が一流の画家を呼んで壁画装飾をすることにしたのです。

ミケランジェロは、ユリウス2世の依頼で天井画「創世記」(1509-12）を、クレメンス7世とその後を継いだパウルス3世の依頼で祭壇背後壁面の「最後の審判」(1536-41)を描いたので、システィーナ礼拝堂に関しては二人の仲の悪さは関係がありません。

1480年に呼ばれたのは、ペルジーノ、ドメニコ・ギルランダイオ、ボッティチェッリ、ルカ・シニョレッリ、コジモ・ロッセリでした。レオナルド・ダ・ヴィンチにとっては、同門のボッティチェッリが、明らかに腕が下と思われるコジモ・ロッセリが選ばれたことはショックだったと思います。

その理由について幾つかの説がありますが、真相は不明です。

フラさんご指摘の遅筆も、それに加えて未完成癖が影響したとも言われています。
少し前にレオナルドは同性愛者とのタレこみがあり、その取り調べを受けており、それが影響したとの説がある一方、また師匠ヴェロッキオがボッティチェッリを推挙したからとの説もあります。
レオナルドとボッティチェッリの二人の間には画法を巡って度々対立していた(これは事実の様です）ようです。

ともあれ、フィレンツェでは自分の活躍できる場所が少ないと見て、有名な自薦状をミラノ公イル・モーロに出してミラノに活躍の場を求めたと言われています。